Koronavirový původ: Analýza genomu naznačuje, že se mohly kombinovat dva viry

Obrázek přes Michal Ico / Unsplash

Tento článek Alexandra Hassanina je zde znovu publikován se svolením od Konverzace . Tento obsah je zde sdílen, protože toto téma může čtenáře Snopes zajímat, nepředstavuje však práci ověřovatelů faktů nebo editorů Snopes.




Během několika týdnů jsme se všichni dozvěděli hodně o COVID-19 a viru, který jej způsobuje: SARS-CoV-2. Ale došlo také ke spoustě pověstí. A zatímco počet vědeckých článků o tomto viru roste, stále existuje mnoho šedých zón, pokud jde o jeho původ.



U kterých druhů zvířat se to vyskytlo? Netopýr, luskoun nebo jiný divoký druh? Odkud to pochází? Z jeskyně nebo lesa v čínské provincii Chu-pej nebo jinde?

V prosinci 2019 prošlo 27 z prvních 41 hospitalizovaných osob (66%) trhem umístěným v srdci města Wuhan v provincii Chu-pej. Ale podle a studie provedená v nemocnici Wuhan , vůbec první zjištěný případ u člověka tento trh nezvýšil. Namísto, odhad molekulárního datování na základě genomových sekvencí SARS-CoV-2 označuje původ v listopadu. To vyvolává otázky ohledně souvislosti mezi touto epidemií COVID-19 a divočinou.



Genomická data

The Genom SARS-CoV-2 byl rychle sekvenován čínskými vědci. Je to RNA molekula asi 30 000 bází obsahující 15 genů, včetně genu S, který kóduje protein nacházející se na povrchu virové obálky (pro srovnání, náš genom je ve formě dvojité šroubovice DNA o velikosti asi 3 miliard bází a obsahuje asi 30 000 genů).

Srovnávací genomické analýzy prokázali, že SARS-CoV-2 patří do skupiny Betacoronaviry a že je velmi blízko SARS-CoV , zodpovědný za epidemii akutního zápalu plic, která se objevila v listopadu 2002 v čínské provincii Kuang-tung a poté se rozšířila do 29 zemí v roce 2003. Bylo zaznamenáno celkem 8 098 případů, z toho 774 úmrtí. Je známo, že netopýři rodu Rhinolophus (potenciálně několik druhů jeskyní) byly rezervoár tohoto viru a že malý masožravec, cibetka dlaňová ( Paguma larvata ), může sloužit jako zprostředkující hostitel mezi netopýry a prvními lidskými případy.

Od té doby mnoho Betacoronaviry byly objeveny hlavně u netopýrů, ale také u lidí. Například RaTG13, izolovaný z netopýra druhu Související s Rhinolophidae shromážděné v čínské provincii Yunan, bylo nedávno popsáno jako velmi podobné SARS-CoV-2, s sekvence genomu identické s 96% . Tyto výsledky naznačují, že netopýři, a zejména druhy rodu Rhinolophus , tvoří rezervoár virů SARS-CoV a SARS-CoV-2.



Jeden, Související s Rhinolophidae .
Alexandre Hassanin,Autor poskytnut

Jak ale definujete nádrž? Nádrž je jeden nebo několik druhů zvířat, které nejsou nebo nejsou příliš citlivé na virus, který bude přirozeně hostit jeden nebo několik virů. Absence příznaků onemocnění je vysvětlena účinností jejich imunitního systému, který jim umožňuje bojovat proti příliš velkému množení virů.

Mechanismus rekombinace

7. února 2020 jsme se dozvěděli, že v pangolinu byl objeven virus ještě blíže k SARS-CoV-2. S 99% hlášena genomová shoda , to naznačuje pravděpodobnější rezervoár než netopýři. Nicméně, a poslední studovaná studie ukazuje, že genom koronaviru izolovaného z malajského pangolinu ( Manis javanica ) je méně podobný SARS-Cov-2, pouze s 90% genomové shody. To by naznačovalo, že virus izolovaný v luskouni není zodpovědný za epidemii COVID-19, která v současné době zuří.

Avšak koronavirus izolovaný z pangolinu je podobný na 99% ve specifické oblasti proteinu S, což odpovídá 74 aminokyselinám zapojeným do vazebné domény receptoru ACE (angiotensin konvertující enzym 2), tedy té, která umožňuje viru vstoupit lidské buňky infikovat. Naproti tomu virus RaTG13 izolovaný z netopýra R. související se v této konkrétní oblasti velmi liší (pouze 77% podobnosti). To znamená, že koronavirus izolovaný z pangolinu je schopen vstoupit do lidských buněk, zatímco ten izolovaný z netopýra R. související není.

Kromě toho tato genomová srovnání naznačují, že virus SARS-Cov-2 je výsledkem rekombinace mezi dvěma různými viry, jedním blízkým RaTG13 a druhým blíže viru pangolin. Jinými slovy, je to chiméra mezi dvěma již existujícími viry.

Koronavirus z pangolinu by mohl být jedním ze zdrojů pro COVID-19.
Wildlife Alliance / Flickr , CC BY

Tento rekombinační mechanismus měl již bylo popsáno u koronavirů, zejména za účelem vysvětlení původu SARS-CoV. Je důležité vědět, že výsledkem rekombinace je nový virus, který je potenciálně schopen infikovat nový hostitelský druh. Aby došlo k rekombinaci, musely dva odlišné viry infikovat stejný organismus současně.

Dvě otázky zůstávají nezodpovězeny: ve kterém organismu došlo k této rekombinaci? (netopýr, pangolin nebo jiný druh?) A především, za jakých podmínek k této rekombinaci došlo?


Alexandre Hassanin , Associate Professor (HDR) ve společnosti Sorbonne University, ISYEB - Institute of Systematics, Evolution, Biodiversity (CNRS, MNHN, SU, EPHE, UA), Národní přírodní muzeum (MNHN)

Tento článek je publikován z Konverzace pod licencí Creative Commons. Číst Původní článek .